Afin que la CNC puisse exercer les missions qui lui sont confiées par la loi, les frais de fonctionnement de la CNC sont couverts par une subvention annuelle versée par l’Etat.
En application de l’article 74bis de la loi modifiée de 2002, la subvention de l’Etat est financée par une taxe prélevée par le Registre de commerce et des sociétés pour compte de l’Etat sur les dépôts de comptes annuels et de comptes consolidés. La taxe prélevée sur les dépôts de comptes annuels et de comptes consolidés s’élève à EUR 5 par dépôt.